Важной особенностью электронного идентификатора Рутокен ЭЦП 2.0 Flash является наличие управляемой Flash-памяти. Она может быть поделена на разделы, доступ к которым разграничивается с помощью PIN-кодов. Предусмотрена возможность создания скрытых и CD-ROM разделов. Доступ и управление доступом к Flash-памяти осуществляется непосредственно через микропроцессор токена без использования каких-либо дополнительных электронных компонентов (хабов, контроллеров и т.п.). Для каждого раздела Flash-диска определяются индивидуальные права доступа на чтение и запись, которые могут быть изменены «на лету» прямо во время работы устройства.